La Haus der Natur di Bonn esiste dalla fine degli anni Ottanta. Nel 1988, il Comune di Bonn decise di creare un centro informativo sul Waldau. La Casa della Natura doveva essere ospitata nella casa a graticcio sul Venusberg, trasferita dall'Hunsrück.
Un anno dopo, la città di Bonn e la comunità degli eredi stipularono un accordo di utilizzo della durata di 20 anni. Insieme alle varie offerte sul Waldau, come il recinto faunistico, il sentiero della biodiversità e il grande parco giochi del Waldau, negli anni successivi la Haus der Natur divenne una meta escursionistica molto apprezzata dalle famiglie di Bonn. All'epoca, alcuni degli elementi espositivi di oggi, come l'imponente olmo di 200 anni, ispiravano già i visitatori in uno spazio più piccolo.
Nel 2008, il consiglio comunale ha deciso di elaborare un concetto per l'ulteriore sviluppo della Casa della Natura. In qualità di Città delle Nazioni Unite per la Biodiversità e la Sostenibilità, a Bonn dovevano essere svolte attività innovative di educazione ambientale a livello locale. A tal fine, l'ex Centro di informazione forestale doveva essere riorganizzato e trasformato in una struttura regionale di educazione ambientale. Anche la Haus der Natur doveva essere ampliata e modernizzata. Nel 2016, il governo federale ha approvato il finanziamento del progetto nell'ambito del suo programma di investimenti futuri "Rafforzare Bonn come sede delle Nazioni Unite". La domanda di costruzione è stata presentata nello stesso anno.
Lavori di ristrutturazione dal 2017
La Haus der Natur ha chiuso le porte ai visitatori nel 2017 per i lavori di costruzione. Durante la ristrutturazione, la Haus der Natur è stata ampliata per includere l'area al piano terra, che in precedenza apparteneva al vicino ristorante Waldau. Qui sono stati realizzati un foyer con uffici e i servizi igienici precedentemente mancanti. È stato installato un ascensore, in modo che anche il piano superiore sia ora privo di barriere architettoniche. Una nuova sala seminari multifunzionale costituisce il fulcro dell'edificio ristrutturato. In linea con la foresta cittadina circostante, la Haus der Natur presenta una facciata in legno dopo la ristrutturazione. La fisica energetica e costruttiva dell'edificio è stata migliorata rivestendo la vecchia struttura in legno. Parallelamente alla ristrutturazione, il nuovo team della Haus der Natur, insieme a numerosi partner, ha completamente riprogettato il programma di educazione ambientale e la mostra permanente.
Dopo due anni di chiusura, la nuova Haus der Natur ha riaperto il 30 giugno 2019 come moderno centro di educazione ambientale per l'educazione allo sviluppo sostenibile.