Haus der Natur w Bonn istnieje od końca lat 80-tych. W 1988 r. Rada Miasta Bonn podjęła decyzję o utworzeniu centrum informacyjnego na Waldau. Dom Natury miał mieścić się w domu z muru pruskiego na wzgórzu Venusberg, który został przeniesiony z Hunsrück.
Rok później zawarto 20-letnią umowę użytkowania między miastem Bonn a wspólnotą spadkobierców. Wraz z różnymi ofertami na Waldau, takimi jak wybieg dla dzikich zwierząt, ścieżka bioróżnorodności i duży plac zabaw Waldau, Haus der Natur stał się popularnym miejscem wycieczek dla rodzin z Bonn w kolejnych latach. Już wtedy niektóre z dzisiejszych elementów wystawy, takie jak potężny 200-letni wiąz, inspirowały odwiedzających na mniejszej przestrzeni.
W 2008 r. rada miasta postanowiła opracować koncepcję dalszego rozwoju Domu Natury. Jako Miasto Bioróżnorodności i Zrównoważonego Rozwoju ONZ, Bonn miało prowadzić innowacyjną edukację ekologiczną. W tym celu dawne Centrum Informacji Leśnej miało zostać zreorganizowane i przekształcone w regionalny ośrodek edukacji ekologicznej. Haus der Natur również miał zostać rozbudowany i zmodernizowany. W 2016 r. rząd federalny zatwierdził finansowanie projektu w ramach przyszłego programu inwestycyjnego "Wzmocnienie Bonn jako siedziby ONZ". Wniosek budowlany został złożony w tym samym roku.
Prace remontowe od 2017 r.
Haus der Natur zamknął swoje podwoje dla odwiedzających w 2017 roku na czas prac budowlanych. Podczas renowacji Haus der Natur został powiększony o parter, który wcześniej należał do sąsiedniej restauracji Waldau. Zbudowano tu foyer z biurami i brakującymi wcześniej pomieszczeniami sanitarnymi. Zainstalowano windę, dzięki czemu górne piętro jest teraz również wolne od barier. Nowa wielofunkcyjna sala seminaryjna stanowi centralny element przebudowanego budynku. Zgodnie z otaczającym lasem miejskim, po przebudowie Haus der Natur ma drewnianą fasadę. Energia i fizyka budynku zostały poprawione poprzez pokrycie starej drewnianej ramy. Równolegle do renowacji, nowy zespół w Haus der Natur, wraz z licznymi partnerami, całkowicie przeprojektował program edukacji ekologicznej i stałą wystawę.
Po dwóch latach zamknięcia nowy Haus der Natur świętował swoje ponowne otwarcie 30 czerwca 2019 r. jako nowoczesne centrum edukacji ekologicznej na rzecz zrównoważonego rozwoju.