Будинок природи в Бонні існує з кінця 1980-х років. У 1988 році міська рада Бонна вирішила створити інформаційний центр на Вальдау. Будинок природи мав розміститися у фахверковому будинку на Венусберзі, який був перенесений з Гунсрюка.
Через рік між містом Бонн та громадою спадкоємців було укладено 20-річний договір про користування. Разом із різноманітними пропозиціями на Вальдау, такими як вольєр для диких тварин, стежка біорізноманіття та великий дитячий майданчик Вальдау, Будинок природи став популярним місцем для екскурсій боннських родин у наступні роки. Тоді деякі з сьогоднішніх експозиційних елементів, як-от могутній 200-річний в'яз, вже надихали відвідувачів у меншому просторі.
У 2008 році міська рада вирішила розробити концепцію подальшого розвитку Будинку природи. Як Місто біорізноманіття та сталого розвитку ООН, Бонн повинен був проводити інноваційну роботу з екологічної освіти на місцевому рівні. З цією метою колишній Лісовий інформаційний центр мав бути реорганізований і перетворений на регіональний центр екологічної освіти. Будинок природи також мав бути розширений і модернізований. У 2016 році федеральний уряд схвалив фінансування проекту в рамках своєї майбутньої інвестиційної програми "Зміцнення Бонна як місця розташування ООН". Того ж року було подано заявку на будівництво.
Роботи з реконструкції з 2017 року
Haus der Natur зачинив свої двері для відвідувачів у 2017 році на час будівельних робіт. Під час реконструкції Haus der Natur було розширено за рахунок площі першого поверху, яка раніше належала сусідньому ресторану Waldau. Тут з'явилося фойє з офісами та санітарні приміщення, яких раніше не було. Встановлено ліфт, завдяки чому верхній поверх також став безбар'єрним. Новий багатофункціональний семінарський зал є центральним елементом реконструйованої будівлі. Після реконструкції Будинок природи отримав дерев'яний фасад, що гармонійно поєднується з навколишнім міським лісом. Завдяки обшивці старого дерев'яного каркасу було покращено енергетичні та будівельні характеристики будівлі. Паралельно з реконструкцією нова команда Будинку природи разом з численними партнерами повністю переробила програму екологічної освіти та постійну експозицію.
Після дворічної перерви новий Будинок природи відсвяткував своє відкриття 30 червня 2019 року як сучасний центр екологічної освіти для освіти для сталого розвитку.