Οι μύκητες δεν είναι ούτε φυτά ούτε ζώα, αλλά διαδραματίζουν εξαιρετικά σημαντικό ρόλο στο δασικό οικοσύστημα. Συνολικά στη Γερμανία απαντώνται περίπου 6.000 διαφορετικά είδη, 500 έως 700 από αυτά στην περιοχή Kottenforst. Όταν τα καπέλα των μανιταριών φυτρώνουν από το έδαφος ή πάνω σε δέντρα, μόνο ένα μικρό μέρος του μανιταριού, το καρποφόρο σώμα, γίνεται ορατό. Το μεγαλύτερο μέρος, το λεγόμενο μυκήλιο, είναι ένα πυκνό δίκτυο κάτω από την επιφάνεια.

Πολλά είδη μυκήτων σχηματίζουν στενές συνεργασίες με τα δασικά δέντρα, τις λεγόμενες συμβιώσεις, οι οποίες είναι επωφελείς και για τις δύο πλευρές. Ο μύκητας αναπτύσσει το δίκτυό του γύρω από τις άκρες των ριζών του δέντρου, το τροφοδοτεί με θρεπτικά συστατικά και το προστατεύει από παθογόνα. Σε αντάλλαγμα, λαμβάνει υδατάνθρακες, τους οποίους παράγει το δέντρο κατά τη διάρκεια της φωτοσύνθεσης. Χωρίς τους μύκητες των ριζών, τα δέντρα θα αναπτύσσονταν πολύ χειρότερα. Αυτή η συμβίωση μεταξύ μυκήτων και δέντρων ονομάζεται επίσης μυκόρριζα.

Άλλοι μύκητες ζουν ως παράσιτα, κυρίως σε ετοιμοθάνατα και νεκρά δέντρα. Τα παράσιτα, όπως ο μελιτομύκητας, εισχωρούν στο ζωντανό δέντρο μέσω των υφιστάμενων πληγών και μπορούν να το προκαλέσουν θάνατο. Χωρίς τους μύκητες, ο κύκλος των θρεπτικών στοιχείων στο δάσος θα κατέρρεε στην πραγματικότητα. Διότι - σε αντίθεση με πολλούς άλλους ζωντανούς οργανισμούς - πολλά είδη μυκήτων μπορούν να αποσυνθέσουν το ξύλο.

Οι μύκητες αποτελούν επίσης σημαντική πηγή τροφής για τα σαλιγκάρια, τα σκουλήκια, τα σκαθάρια της κοπριάς, τα ποντίκια και πολλά άλλα είδη ζώων.