Les champignons ne sont ni des plantes ni des animaux, mais ils jouent un rôle extrêmement important dans l'écosystème forestier. On trouve en Allemagne un total d'environ 6 000 espèces différentes, dont 500 à 700 dans la région de Kottenforst. Lorsque les champignons poussent sur le sol ou sur les arbres, seule une petite partie du champignon, le corps fructifère, est visible. La plus grande partie, le mycélium, est un réseau dense sous la surface.

De nombreuses espèces fongiques forment des partenariats étroits avec les arbres forestiers, appelés symbioses, qui sont bénéfiques pour les deux parties. Le champignon développe son réseau autour des racines de l'arbre, lui fournit des nutriments et le protège des agents pathogènes. En retour, il reçoit des carbohydrates que l'arbre produit lors de la photosynthèse. Sans les champignons racinaires, les arbres pousseraient beaucoup plus mal. Cette symbiose entre les champignons et les arbres est également appelée mycorhize.

D'autres champignons vivent en parasites, principalement sur les arbres morts ou mourants. Les parasites, comme le champignon du miel, pénètrent dans l'arbre vivant par les blessures existantes et peuvent le faire mourir. Sans les champignons, le cycle nutritif de la forêt s'effondrerait réellement. En effet, contrairement à beaucoup d'autres organismes vivants, de nombreuses espèces de champignons peuvent décomposer le bois.

Les champignons sont également une importante source de nourriture pour les escargots, les magots, les insectes du fumier, les souris et de nombreuses autres espèces animales.