Grzyby nie są ani roślinami, ani zwierzętami, a jednak odgrywają niezwykle ważną rolę w ekosystemie leśnym. Łącznie w Niemczech można znaleźć około 6000 różnych gatunków, z czego 500-700 na obszarze Kottenforst. Kiedy kapelusze grzybów wyrastają z ziemi lub na drzewach, tylko niewielka część grzyba, owocnik, staje się widoczna. Największa część, tak zwana grzybnia, to gęsta sieć pod powierzchnią.

Wiele gatunków grzybów tworzy bliskie partnerstwo z drzewami leśnymi, tak zwane symbiozy, które są korzystne dla obu stron. Grzybnia rozrasta swoją sieć wokół wierzchołków korzeni drzewa, dostarcza mu składników odżywczych i chroni je przed patogenami. W zamian otrzymuje węglowodany, które drzewo wytwarza podczas fotosyntezy. Bez grzybów korzeniowych drzewa rosłyby znacznie gorzej. Ta symbioza między grzybami i drzewami jest również nazywana mikoryzą.

Inne grzyby żyją jako pasożyty, głównie na umierających i martwych drzewach. Pasożyty, takie jak grzyb miodowy, przenikają do żywego drzewa przez istniejące rany i mogą spowodować jego śmierć. Bez grzybów cykl odżywczy w lesie faktycznie by się załamał. Ponieważ - w przeciwieństwie do wielu innych żywych organizmów - wiele gatunków grzybów może rozkładać drewno.

Grzyby są również ważnym źródłem pożywienia dla ślimaków, larw, chrząszczy gnojowych, myszy i wielu innych gatunków zwierząt.