Los hongos no son plantas ni animales, pero desempeñan un papel muy importante en el ecosistema forestal. En Alemania se pueden encontrar unas 6.000 especies diferentes, entre 500 y 700 de ellas en la zona de Kottenforst. Cuando los sombreros de las setas brotan del suelo o de los árboles, sólo una pequeña parte de la seta, el cuerpo fructífero, se hace visible. La mayor parte, el llamado micelio, es una densa red bajo la superficie.

Muchas especies de hongos forman estrechas asociaciones con los árboles forestales, las llamadas simbiosis, que son beneficiosas para ambas partes. El hongo hace crecer su red alrededor de las puntas de las raíces del árbol, le suministra nutrientes y lo protege de los patógenos. A cambio, recibe carbohidratos, que el árbol produce durante la fotosíntesis. Sin hongos en las raíces, los árboles crecerían mucho peor. Esta simbiosis entre hongos y árboles también se denomina micorriza.

Otros hongos viven como parásitos, principalmente en árboles moribundos y muertos. Los parásitos, como el hongo de la miel, penetran en el árbol vivo a través de las heridas existentes y pueden causarle la muerte. Sin los hongos, el ciclo de nutrientes del bosque se colapsaría. A diferencia de muchos otros organismos vivos, muchas especies de hongos pueden descomponer la madera.

Los hongos son también una importante fuente de alimento para caracoles, gusanos, escarabajos peloteros, ratones y muchas otras especies animales.