Гриби не є ні рослинами, ні тваринами, але вони відіграють надзвичайно важливу роль у лісовій екосистемі. Загалом у Німеччині налічується близько 6 000 різних видів грибів, від 500 до 700 з них - у Коттенфорсті. Коли капелюшки грибів проростають із землі або на деревах, видно лише невелику частину гриба - плодове тіло. Більша частина, так званий міцелій, являє собою щільну мережу під поверхнею.

Багато видів грибів формують тісні партнерські стосунки з лісовими деревами, так звані симбіози, які є корисними для обох сторін. Гриб розростає свою мережу навколо кінчиків коренів дерева, забезпечує його поживними речовинами та захищає від патогенів. Натомість він отримує вуглеводи, які дерево виробляє в процесі фотосинтезу. Без кореневих грибів дерева росли б набагато гірше. Цей симбіоз між грибами і деревами також називається мікоризою.

Інші гриби живуть як паразити, переважно на вмираючих і мертвих деревах. Паразити, як-от медовий гриб, проникають у живе дерево через наявні рани і можуть спричинити його загибель. Без грибів кругообіг поживних речовин у лісі фактично зруйнувався б. Адже - на відміну від багатьох інших живих організмів - багато видів грибів здатні розкладати деревину.

Гриби також є важливим джерелом їжі для равликів, опаришів, гнойових жуків, мишей та багатьох інших видів тварин.