I funghi non sono né piante né animali, ma svolgono un ruolo estremamente importante nell'ecosistema forestale. In Germania si trovano circa 6.000 specie diverse, di cui 500-700 nell'area di Kottenforst. Quando i cappelli dei funghi spuntano dal terreno o sugli alberi, solo una piccola parte del fungo, il corpo fruttifero, diventa visibile. La parte più grande, il cosiddetto micelio, è una fitta rete sotto la superficie.

Molte specie fungine formano strette collaborazioni con gli alberi della foresta, le cosiddette simbiosi, che sono benefiche per entrambe le parti. Il fungo sviluppa la sua rete intorno alle radici dell'albero, lo rifornisce di sostanze nutritive e lo protegge dagli agenti patogeni. In cambio riceve i carboidrati che l'albero produce durante la fotosintesi. Senza i funghi delle radici, gli alberi crescerebbero molto peggio. Questa simbiosi tra funghi e alberi è chiamata anche micorriza.

Altri funghi vivono come parassiti, soprattutto su alberi morenti e morti. I parassiti, come il fungo del miele, penetrano nell'albero vivo attraverso le ferite esistenti e possono causarne la morte. Senza i funghi, il ciclo dei nutrienti nella foresta crollerebbe. Infatti, a differenza di molti altri organismi viventi, molte specie di funghi sono in grado di decomporre il legno.

I funghi sono anche un'importante fonte di cibo per lumache, vermi, scarabei stercorari, topi e molte altre specie animali.